正常情况下，男性的睾丸存在有血睾屏障，血睾屏障阻碍了精子抗原与机体免疫系统的接触，因此不产生抗精子抗体。当输精管结扎或其他阻断术后，输精管堵塞，睾丸或附睾炎症及外伤等情况下，血睾屏障遭到破坏时，精子漏出或巨噬细胞进入生殖道吞噬消化精子细胞，其携带的精子抗原激活免疫系统，就会引起精子的自身免疫反应，男性则产生自身的抗精子抗体。
尽管精子对女性来说是异己的，但由于精液中含有免疫抑制作用的因子，对淋巴细胞具有免疫抑制作用，可以抑制女性机体对精子的免疫反应，所以一般情况下女性并不产生抗精子抗体。当生殖道感染特别是患有性传播疾病时，生殖道渗出增加，局部的非特异性免疫反应加强，生殖道粘膜渗透性改变也增强了精子抗原的吸收，同时精子表面抗原与抗微生物抗体也有交叉反应的可能，这些因素均可使女性产生抗精子抗体。另外，生殖道粘膜破损时性生活可使精子抗原通过女性生殖道破损的粘膜上皮屏障进入上皮下的B淋巴细胞，产生抗精子抗体。
