尽管现在已有能改善帕金森病运动症状的药物和手术治疗手段，可是在大部分患者当中，该症还是会出现进行性功能障碍。病程后期的进展特征为包括症状波动和运动障碍在内的运动并发症。随着帕金森病的进展，有一类对左旋多巴治疗无反应的症状群可能会出现;这类症状包括姿势保持障碍(姿势不稳)和跌倒、讲话和吞咽困难、以及非运动症状(NMS)。
在左旋多巴应用之前的时代，Hoehn和Yahr总结称帕金森病进展至功能残疾的平均时间为7年(1967年);在左旋多巴得到应用之后，从疾病起病到依赖轮椅的平均时间延长至14年。已明确帕金森病的疾病进展广泛地与功能残障加重和生命质量(quality of life，QoL)降低相关。
帕金森运动并发症
关于运动并发症的发生和进展，有数个机制可能与之相关。这些机制全部导致药物治疗浓度范围窗很窄，血浆和纹状体内的多巴胺能药物浓度低于此范围可导致“关”期发生;高于此范围则可增加剂峰运动障碍的发生。
据估计每年在10%的帕金森病患者中新出现运动并发症，在5年病程内出现的比率估计为50%。其它可能出现的运动相关症状和体征包括步态和姿势异常。上述临床表现增加了患者发生跌倒、吞咽困难、构音障碍和认知异常的风险。
对晚期帕金森病的非侵入性治疗
对晚期帕金森病的非侵入性治疗应将注意力集中在最优化多巴胺能药物治疗方面，相关因素包括药物吸收、用药间隔、剂量、以及药代动力学和药物转运的改变等。高蛋白饮食中富含的氨基酸可使左旋多巴的吸收减慢，(对这种情形)可以通过在餐前30分钟至1小时服用药物来改善左旋多巴的吸收情况。
将左旋多巴的每日剂量再细分，并改变服药间隔，(少量多次服药)可对改善症状有帮助。虽然不这么做也可能对治疗获益有正面影响，但是按照上述方法可增加患者依从性并最终增加疗效。
另一种治疗选择是换用控释剂型。数个临床研究比较了控释剂型和即释剂型，发现控释剂型并不能显著减少“关”期的时间或增加“开”期的时间。
脑深部刺激术(DBS，俗称脑起搏器)
DBS是一种可用于治疗运动症状波动、运动功能障碍和震颤的功能性神经外科治疗技术。
当患者对左旋多巴治疗有效但出现运动并发症时，可考虑进行DBS治疗。特定的非运动症状，比如非运动症状波动、睡眠相关问题、行为异常也可以通过DBS治疗得到改善。患者从发病到外科治疗的时间平均为5-13年。
至今已有3个随机对照临床试验比较了苍白球内侧(GPi)和/或丘脑底核(STN)脑刺激术与最佳药物管理手段在晚期帕金森病治疗中的效果。这些试验结果支持以下观点：在许多症状波动患者中，DBS优于药物治疗，