上海市儿童医院儿童保健科（儿童保健所），是集医疗、保健、科研、教学为一体的专业科室，长期开展儿童体格及神经精神发育、营养评估与干预、心理健康评估与保健等技术服务。
自上世纪90年代开始就率先在国内开展了高危儿的多学科整合门诊，目前已形成了高危儿的规范化、信息化和多学科综合管理模式（MDT）；学科也是上海首个开展注意缺陷多动障碍和学习障碍诊治的儿童专科医院，已成为首批国家妇幼中心特色专科、交通大学注意缺陷多动障碍联合诊治中心等，并在卫计委、市教委的支持下，率先在上海市开展了学龄儿童注意缺陷多动障碍的医教结合干预；同时学科针对儿童在饮食教育、营养行为方面的偏差，开展了标准化评估和家长指导，使干预效果得到了明显提升。
目前科室诊治范围包括：高危新生儿早期综合评估及早期促进(儿保科、健康管理部、新生儿科、康复科等多学科团队)、注意缺陷多动障碍(多动症)、儿童生长发育评估及膳食喂养指导、营养疾病评估干预（消瘦、矮小、肥胖、佝偻病、缺铁性贫血、微量营养素缺乏等），孤独症谱系障碍(自闭症)、语言发育迟缓、言语障碍、动作发育迟缓、抽动障碍、社交障碍、感觉统合失调、睡眠障碍、情绪及行为问题、精神发育迟滞(智力落后)等的诊疗，提供全身运动评估、发育评估、智商评估、心理评估，以及体检服务。
开展的相应治疗包括:高危新生儿早期综合评估与促进、感知觉统合训练、注意力训练、听觉统合训练、言语训练、作业训练、认知训练、孤独症谱系障碍（自闭症）SCERTS模式干预、儿童心理游戏治疗、脑电生物反馈治疗（多动症、发育迟缓等）、低频脉冲治疗、经络治疗，及不同需求的体检与指导服务（面向个人或集体，含入园入托体检、入学体检）。
学科成为首批儿科住院医师规范化培养基地、儿童保健专科医师规范化培养基地，同时是国内多省市及本市医联体单位的儿保专科进修基地，科室拥有博士生导师1人,硕士生导师2 人，承担上海交通大学医学院儿科系本科生、研究生的理论课教学和临床实习带教；承担国家级、省部级、局级、校级课题多项，每年发表SCI收录的论著多篇，参与多本专著、教材的主编、参编工作。
在预防保健方面，学科先后承担了第二轮、第三轮上海市公共卫生三年行动计划，参与第四轮上海市公共卫生三年行动计划的示范项目，充分发挥了儿童保健在公共卫生方面的预防保健职能。
随着学科建设的深入、人员梯队的完善，儿童保健科的工作也获得长足的进步，分别在2012年获上海市妇幼工作“白玉兰”大奖、2014年上海市妇幼保健技术二等奖、2015年首届国家妇幼健康科学技术三等奖等荣誉。