珍妃是光绪年间光绪皇帝最宠爱的妃子之一，然而她的死因却存在着未解之谜，文献记载也各有不同，有说她为保贞洁跳井而亡，也有说她是被慈禧下令杀害，众说纷纭也引起了史学家们的关注。
《清史稿》是史学家们认为接近正史的文献，此书中就记载到珍妃是殉节跳井而亡，并非被慈禧害死，此书是由清朝的遗老们修订，其中记录了溥仪的父亲载沣的回忆，同时载沣也在《爱新觉罗·毓欢》一书中提到了珍妃的死因。
曾有人说到珍妃为了逃过一死长跪以求免罪，可是载沣坚定地否决了这一说法，因为珍妃生性高傲不屈，并不会做出这种苟且偷生的事情，他还说到当时有崔太监要为珍妃裹尸，这样就会触碰到珍妃的玉体，根据当时的礼法制度，是坚决不允许的。所以高傲的珍妃肯定受不了这样的侮辱就跳井而亡，民国时期的学者也认同这样的说法，珍妃被慈禧杀害这种说法也就被否决了。
不过解放之后史学家对这段历史再次做了研究，随着大量的史籍资料被发现，太监不能触碰宫女、妃子的说法也被推翻。清朝宫中有一宫女何容儿就被太监脱去衣服责打，在当时宫中如果有宫女打扮太过妖艳，就要用竹板责打，疼不算什么，被侮辱才是重点，据说执法的太监要将其裤子脱去，露着屁股挨打，打死都不许发出声音。
这样一来学者们恍然大悟，其实珍妃就是被慈禧处罚，受到了和宫女一样的责打，根据末代皇后隆裕的说法，珍妃被杖责之后，腹中的孩子流产而且再也不能怀孕，当然这些史书是不可能记载的。所以载沣的说法是为慈禧太后辩护而已，太监是可以触碰宫中女性身体的，之后大多数史学家们赞同是慈禧太后下令让太监崔玉贵将珍妃推下井的。
珍妃死后也很是凄惨，表面上慈禧太后将她追封为恪顺皇贵妃，可是却没有将其正规地下葬，而是让珍妃的家人将其从井中捞起，草率的埋葬在了偏僻处。慈禧太后死后，隆裕皇太后没几年也死了，珍妃的姐姐瑾妃上位，统领后宫，她还想效仿慈禧太后，所以也很专权。根据溥仪的说法，瑾妃根本不把皇上看在眼中，还经常管教他。
溥仪在众人的怂恿之下和瑾妃当着众人的面大吵一架，瑾妃下不来台便记下了仇恨，之后她将溥仪的母亲和奶奶召进宫中并对两人施加压力，让溥仪给自己道歉，溥仪当然拗不过母亲和奶奶，只能被迫道歉。然而溥仪的母亲很有个性，这件事情让她受到了惊吓和侮辱，回家之后吃下了大量鸦片自杀，得知此事的瑾妃大惊，当然也很害怕，随后事事顺着溥仪，两人关系和好了。
当然瑾妃还是很念及自己的妹妹珍妃的，她当权之后就将妹妹的尸体转移，安葬到了崇陵妃园寝，那里是光绪妃子应该埋葬的地方，瑾妃死后也被溥仪安葬在了那里。
珍妃死的很惨，更惨的是陵墓还被盗墓人光临过。当时华北村的两个壮汉准备好工具密谋去盗窃光绪皇帝的妃子墓，他们到墓地之后看到了两座坟头，那便是珍妃和瑾妃的陵寝，一伙人用炸药炸开了珍妃墓的洞门，进入后将棺椁砍开，看到珍妃的尸体还未完全腐烂，面容仍可辨认，她身穿官服，手中拿着玉石，身边放着如意，令人可怖的是，珍妃的眼睛微微睁开，死不瞑目说明她是冤死的。
这些都被记载在《夜盗珍妃墓》一文中，但是该文中还描述了珍妃被害的一段故事，慈禧太后为了掩人耳目，回京之后册封珍妃，对外宣称珍妃是为了不被洋人侮辱而跳井自杀，还下令让珍妃的家人将其从井中捞出。可是尸体早已在井中泡了一年多，很难打捞上来，慈禧听闻大怒要降罪于珍妃家人，不过最终历尽艰难才将尸体捞出，遗体自然已经惨不忍睹，最后只能被草草地埋葬在了北京西直门外面的田村。
这两段文字记载有着很大的矛盾，被井水泡过得尸体早已面目全非，然而盗贼们却看到了珍妃完整的面容，所以盗墓人可能盗取的是瑾妃的陵墓而非珍妃，毕竟两个描述完全相反。