南京在秦汉时期称“秣陵”，顾名思义，即野草荒丘。东吴孙权建都于此，改秣陵为建业（寓意建功立业），始建造城池。西晋灭吴后,将其打回原形，改叫秣陵,且将秣陵一分为二（秦淮水北为建邺,水南为秣陵县）。西晋建兴元年（313年），为避讳，将建邺更名建康（寓意建立安康之地）。318年,随着东晋的建立,建康再次成为国都，形制与东吴时期差不多。
南京历史上第一次大战，东吴被灭了。那么第二次是哪次，结果又如何呢？
王敦进攻建康作战经过示意图（图注）
第二次是王敦与东晋元帝司马睿PK。
元帝下令以王导为前锋大都督，戴渊为骠骑将军，周顗为尚书左仆射，王邃为右仆射；刘隗守金城[1]，周札守石头城，此两城与建康城之间成鼎立之势，共同抵御王敦军。元帝亲自披甲上阵督战，后又发诏令，让梁州刺史甘卓为镇南大将军、侍中，都督荆、梁二州诸军事，广州刺史陶侃领江州刺史，各率兵马攻击王敦军的后方。
战略战役的布防看似严密周到，却出现重大疏漏，决定了元帝失败的命运。在这次排兵布阵上，元帝出了两个关键的“昏招”。
一是军事统帅没用自己心腹，却用了早被自己疏远的王导。王导曾与元帝“共坐御床”，是元帝执政的台柱子，但时过境迁，这次造反头子就是王导的兄弟。回朝勤王的刘隗一到建康，就力劝皇帝诛灭城内的王氏家族。王导当时也很害怕，率领族中兄弟子侄20余人,每天天亮都到台阁处等待议罪领罚（导率群从昆弟子侄二十余人，每旦诣台待罪[2]）。王导表面对皇帝表示王敦起兵大逆不道，但内心对王敦的叛逆行动并不坚决反对，从后来他劝降王含的信中就可以看出：“以前刘隗、刁协这样的佞臣扰乱了朝政，人心不安，像王导他们，心存外念，现在则不同。（昔年佞臣乱朝，人怀不宁，如导之徒，心思外济。[3]）当时的政治制度皇帝与大士族是共权的，在统治集团内部是相互制约和平衡的关系。王导是一个把维护家族利益放在第一位的人。也正是因为刘隗、刁协的政策，让王氏家族的利益受到侵害，所以他在对付王敦的反叛上不会积极作为。这时，元帝非但没杀王导反而加以重用，很难让人理解，也可能是皇帝畏敌如虎、平叛信心不足，想为自己留条退路。而在这次平叛中，皇帝的心腹、力主平叛的刘隗、刁协却没有得到重用，刁协的实权实际上已被剥夺，刘隗也只是守在建康外围一隅的金城，作为建康的外援。
元帝犯的另一个错误是在关键防区石头城没用强将，却用周札[4]。此人贪财好色，外表刚强，内心却很怯懦（性矜险好利，外方内荏[5]）。元帝把自己的身家性命寄托在周札身上，用这样的人防守要害核心部位，注定了失败的命运。
由于众多不满“征奴为兵”政策的士族门阀对王敦的支持，使得王敦进军神速，一路上没有遇到顽强的抵抗，兵锋直抵建康。
兵家必争之地石头城（图注）
王敦兵临石头城，打算先进攻建康外围的金城，灭了刘隗以泄私愤。但部将杜弘认为刘隗将士众多，不易攻克；而周札少有恩德，士兵不服，易于攻克，如果石头城被击破，刘隗就会退走。王敦于是先放下个人恩怨，进攻石头城，周札没怎么抵抗就开城门投降。石头城陷，建康危在旦夕。元帝立即下令刘隗、戴渊、刁协等军反攻石头城，并让王导、周顗、郭逸等军分三路出去迎战，但都被王敦轻松击败，全军溃散。消息传到都城，太子司马绍忍不住了，打算亲率将士与敌决一死战，坐上战车正要出发，温峤抓住马勒头劝谏说：“殿下是国家君位的继承人，怎么能逞一己之快，轻弃天下而不顾！”（殿下国之储副，奈何以身轻天下！[6]）他抽出剑斩断马的鞅带，司马绍这才罢休，没有“蚍蜉撼大树”，作无谓牺牲。温峤为后来太子登基，为其父元帝报仇留下了“火种”。当然，当时怎么也阻挡不了王敦军进入建康。
王敦坐镇石头城拥兵不朝，放任士卒进城劫掠，吓得百官四面逃窜。宫内乱成一片，只有安东将军刘超及一位侍中陪在元帝身边。元帝一筹莫展，只好脱下戎衣，穿上朝服，对左右道：“王敦欲得我处，当早言！何至害民如此。”[7]他派出使者对王敦说：“公若不忘本朝，于此息兵，则天下尚可共安；如其不然，朕当归琅邪以避贤路。”[8]随后无奈让百官去石头城拜见王敦，并任命王敦为丞相、都督中外各军、录尚书事、江州牧，赐封武昌郡公。兵败的刁协和刘隗逃入宫中，元帝给二人配备人马，让其自寻生路。刁协年老，不便骑乘，后在江乘[9]被手下所杀，刘隗则逃奔后赵。败将周顗和戴渊很快就被王敦的部将邓岳抓住。周顗被捕时，正好途经太庙，遂向庙里大呼：“贼臣王敦，顷覆社稷，枉杀忠臣；神祗有灵，当速杀之！”[10]话未说完，就被邓岳的兵士用长枪刺破口舌，鲜血一直流到脚后跟，但他容颜举止泰然自若，观望的人都因此而落泪。最后周顗和戴渊一起在石头城南门外被杀。
王敦在收拾完一些不听话的大臣后，怕太子今后不好驾驭，想以不孝的罪名废掉，但遭到温峤等众多大臣强烈反对。王敦考虑到甘卓还像一把悬在半空的剑威胁着自己的根据地，还不到公然谋篡的时候，于是在朝廷安插好一些亲信后，4月引兵退回武昌。
王敦（图注）
王敦退回武昌后仍遥控京师，大权独揽，把几个军事重镇全部换上自己的亲属或心腹。元帝形同傀儡，没权没势，在内有叛臣，外有强寇情况下，终日忧愁成疾，卧床不起。他想到大臣中只有司徒荀组对自己忠心耿耿，就任命他为太尉兼领太子太保，参与朝政，钳制王导。孰料司徒荀组受任不久即病死，使元帝病情加重。永昌元年（322年）11月，就在王敦攻入建康7个月后，元帝抱恨去世，享年47岁。元帝生前温良恭俭，但自治有余，治人不足，又逢乱世，最后只能饮恨而终。
注释：
[1] 金城：昙花一现的城市，又名金城戍、宣武城。作为六朝建康城东北面的一座带有堡垒性质的城池，含有“金城汤池”之意，寓意这座城池固若金汤，牢不可破。金城曾经一度做过琅邪郡的治所，这也是它最辉煌的时期。后随着琅邪郡治所迁到白下城，金城也湮没在历史的长河中。金城的位置大约在南京城东北栖霞山附近的江边一带。
[2]《晋书》（卷65·王导传），第1749页。
[3]《资治通鉴》（卷93·晋纪十五·晋明帝太宁二年），第2926页。
[4] 周札：义兴阳羡人，出身江南士族，西晋建威将军周处第三子。
[5]《晋书》（卷58·周札传），第1574页。
[6]《资治通鉴》（卷92·晋纪十四·晋元帝永昌元年），第2900页。
[7]《资治通鉴》（卷92·晋纪十四·晋元帝永昌元年），第2901页。
[8]《资治通鉴》（卷92·晋纪十四·晋元帝永昌元年），第2901页。
[9] 江乘：秦始皇渡江处，始设于秦朝，初隶属于会稽郡。汉时，江乘县隶属丹阳郡。孙吴时期，撤江乘，设典农都尉，进行屯田。晋武帝太康元年（280年）后，复置江乘县，隶属丹阳郡。东晋成帝咸康元年（335年），分江乘县西境设置临沂县，隶属琅邪郡。陈宣帝太建十年（578年），琅邪郡并入建兴郡后，江乘县改属建兴郡。陈亡后，江乘县废置。江乘县治所为金城。
[10]《资治通鉴》（卷92·晋纪十四·晋元帝永昌元年），第2903页。