马克思逝世后，其私人藏书由恩格斯处理。恩格斯全部整理一遍后，把有助于自己研究之用的留在手边，其余大部分送给了相关人士和机构，例如把一百卷俄文书送到布拉格的拉甫罗夫图书馆，有些书归还给了马克思家人。
德国社会民主党主席倍倍尔主张，把马克思的藏书重新集中起来，恩格斯的藏书也应防止分散。他在恩格斯晚年提出建议，把马、恩两人的藏书合并为一个整体，由社会民主党保存。恩格斯认同此议，曾于1894年11月写信给马克思的女儿说：“这些书籍构成现代社会主义的历史和理论以及与之有关的一切科学的独一无二、同时也是非常完备的文库。如果再让它分散开，那是很可惜的。”
倍倍尔实现了愿望。恩格斯谢世后，集中起来的马克思恩格斯藏书被放进柏林的档案馆，不过未做单独陈列，而是混放在馆藏16000卷书中，一起保管，借阅。1901年，该馆对藏书进行整理和编目，马克思恩格斯的藏书加盖了专有印章。这些书中，马、恩写在书页版心外的批语和边注，有不少在图书重新剪裁装订时被裁掉了。
第一个对马恩藏书作系统编目的是尼古拉耶夫斯基。他是莫斯科马恩研究院通讯员，用了多年时间作基本调查，确认了1130种马恩私人藏书，于1929年完成了马恩藏书目录，即著名的《尼古拉耶夫斯基目录》。
纳粹当道时，马恩藏书被秘密警察没收，转到了普鲁士国家秘密文件库，后又分散到普鲁士国立图书馆等公共机构图书馆。“二战”结束后，由社会民主党中央委员会图书馆牵头，在各地图书馆系统查找马恩藏书。到1953年，找到了近400卷，其中一些重要版本曾在纪念马克思诞辰135周年展览会上公开展出。
1960年代初，一些马恩藏书从布拉格流入西德旧书店。此事催生了搜寻马恩藏书的国际合作。东西德统一后，成立了国际马克思恩格斯基金会，设立“藏书项目”，在布拉格、巴黎、波恩、莫斯科等地图书馆全力查找。到1990年代末，确认了1450种、2100卷马恩藏书。据说占他们藏书总量的三分之二。如今这些书集中在柏林社会主义工人党研究所和俄罗斯国家社会政治史档案馆。
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