牛顿是伟大的科学家，但他长期沉迷于炼金术。炼金术虽然带有神秘性质，但它的发展研究给近代化学的诞生带来了很大帮助。在牛顿生活的年代，从事化学实验和炼金术的修行是不可分开的。
牛顿对炼金术产生兴趣，最早可追溯至其少年时期。17世纪60年代早期，牛顿开始对“传统化学”的知识产生兴趣。大约在1667年，牛顿开始修习化学。在牛顿探索炼金术的过程里，化学家波义耳起到了指导老师的作用，二人经常交流探讨。牛顿还经常建议波义耳用假名来发表相关的文章，以免被大众识破真相。也就是说，虽然牛顿正在研究炼金术，但为了维护自己的名誉和地位，他并不愿意正大光明地进行相关工作。修习炼金术期间，牛顿还加入了“哈特利布社团”，这是一个炼金术士和巫师的社交圈。在几十年的研究后，牛顿将自己的见解写成了1200字左右的文章，名为《实验之论》，这是他这些年炼金术研究的精华。然而，1677年至1688年冬之间的某天早晨，牛顿的实验室发生了火灾，大火烧掉了他辛苦搜集的炼金术文献。作为化学前身的一部分，炼金术虽然是神秘色彩笼罩下的江湖术士行为，但其与正统的科学有着不可忽视的联系。比如炼金术里的“发气原理”，促成了牛顿想到物体间能有超距作用，而这是万有引力理论中的关键一环。