朱元璋推翻元朝统治后，将蒙古人赶回了老家，随后几次远征彻底捣毁了元廷，使得蒙古分裂。朱棣则五次远征一次次打击鞑靼、瓦剌等蒙古各部，但是几十年后，蒙古发起了土木堡惨败，囚禁了明朝皇帝。
整个大明王朝都在和蒙古打仗，但是最终也没有彻底消除蒙古的威胁。而清朝还叫后金时就把林丹汗打跑，蒙古帝国彻底覆灭，其后葛尔丹妄图东山再起重演成吉思汗的辉煌也被康熙镇压了。
是什么原因能让清朝几十年就摆平了蒙古？
（明朝地图）
这是明朝最强大时期的地图，已经设置了奴儿干都司，管辖今日的东北地区。但是，就从这个地图来看，北元的瓦剌和鞑靼部落占据的土地面积也是很大的，可以和明朝抗争。
从朱元璋、朱棣到后来被俘虏的明英宗朱祁镇等等，都在发动对蒙古的战争，但是就征服不了蒙古帝国。为什么呢？很多学者认为明朝是中原王朝，是以农耕为基础的，认为草原是不毛之地，无法驻扎大军，所以大多是打败蒙古军后，就撤回了，而没有采取有效的占领管辖措施。
在明朝的统治者中间，也广泛流传着放弃不毛之地的想法。比如说，奴儿干都司、越南就是明朝主动放弃的，他们认为直接管理浪费很多财力物力，这样的土地不如放弃。
在这种观念的促使下，明朝二百多年也没能彻底的政府蒙古帝国。
（林丹汉）
满清则不一样了，他们的生活习俗和蒙古很像。一旦打败或征服蒙古土地后，能够有效管辖。当然，满清比较幸运，征服了林丹汉。
林丹汗生于1592年，孛儿只斤氏，名林丹巴图尔，汗号为呼图克图汗，是蒙古帝国第35任大汗，也是蒙古的末代大汗。
林丹汗很有作为，试图恢复蒙古的统一，重建成吉思汗的霸业，同时又面临着新兴的女真族的威胁。因此，他对外采取联明抗金的方针，对内则谋求控制蒙古其他部落，而且他以“攘外必先安内”为原则，优先进行对蒙古的统一，避免与后金正面交锋。
林丹汉的这种政治观点，也导致了自己的最后失败，给满洲女真的逐步壮大时间。1627年，林丹汗西迁，平定右翼诸部。1632年，后金汗皇太极讨伐林丹汗，林丹汗远遁青海。1634年，林丹汗因天花死于青海大草滩，终年四十三岁。
（皇太极）
满清之所以能够征服蒙古，实属幸运。
林丹汗病故后，林丹汗的遗孀们及他的儿子额哲率领余部自青海大草滩返回河套地区。
这时，皇太极于1635年二月命多尔衮、岳托、萨哈廉、豪格领兵1万，第三次远征察哈尔。三月，多尔衮在西喇珠尔格地方遇到林丹汗的大福晋囊囊（娜木钟），得知额哲所在地。四月二十日，后金兵渡过黄河，四月二十八日，后金兵趁着大雾包围了额哲营帐，并派苏泰之弟南楚劝降。于是苏泰、额哲母子奉传国玉玺出降，蒙古帝国正式宣告灭亡，漠南蒙古也全部收归后金版图。皇太极得此传国玺，又被以额哲为首的漠南蒙古四十九个封建主尊奉为“博格达彻辰汗”，乃于翌年建立大清帝国。
后来，清朝统治者将察哈尔部安置于义州，分设左右翼察哈尔八旗，封额哲为亲王，并将皇女马喀塔格格嫁给他。康熙年间，林丹汗的孙子布尔尼举兵反清，旋即失败，后嗣断绝。
（满清贵族与蒙古通亲）
满清之所以能够彻底政府蒙古后裔，还与皇太极的通亲政策有关。
从清太祖、太宗，到清世祖和圣祖，先后有四后、十三妃出自蒙古科尔沁等部。此外，满清女子也纷纷嫁给蒙古贵族。这样，同属于草原民族的满蒙就有着血浓于水的关系，虽然后来也有叛乱，但是整体上还是很和谐的。
在满清的统治过程中，也出现了很多蒙古妃子，帮助清朝度过了难关。比如说孝庄太后，就是这样的一个人，在满清危机的时候，辅佐三个皇帝，让清朝统治者平安度过危机，绵延国祚。