动物的一些疾病具有遗传性，如果明知宠物患有遗传病仍进行繁殖，不但不符合优生优育的原则，也是不道德的。因为这样会产生更多的病态的宠物，甚至让繁育出来的动物一辈子都饱受疾病的痛苦。
狗狗常见遗传病
髋关节发育不良
髋关节发育不良是一种中大型犬的常见髋关节疾病，当发现宠物有不爱运动、走路扭屁股、兔子跳或是疼痛反应时可通过 X光照影来判断有无髋关节发育不良的可能。猫咪也有发生的可能，但因为猫咪的体重有限，所以髋关节发育不良的症状并不会特别明显，大多会于老年之后才发生严重的跛行症状。
膝关节脱臼（髌骨脱位）
这样的疾病是小型犬常见的遗传性缺陷，如马尔济斯、博美犬、吉娃娃及迷你贵宾犬等，对猫咪而言并不常见。犬猫若发生后肢跛行、三脚跳的症状，会随着年龄的增长而逐渐恶化，医师可以经由膝关节的触诊来诊断，一旦确诊后严重的病例就必须考虑进行外科手术，也不应以这样的犬猫来进行育种。
毛囊虫（蠕形螨）
这是犬只常见的遗传性皮肤病，猫咪并不常见，虽然毛囊虫是犬猫身上的常在寄生虫，但可能会因为抵抗力下降或是长期使用类固醇而诱发毛囊虫大量增加，目前业内仍认为毛囊虫为遗传性疾病，所以也不应作为育种之用。
隐睾
超过6个月龄的雄性犬猫，如果睾丸还没有进入阴囊，也就是说装蛋蛋的袋子里啥也没有，就是所谓的隐睾。这样的缺陷也是有家族遗传性的，滞留在皮下或腹腔内的睾丸可能会因为长期处于高温状态下而诱发癌变，所以最好趁年轻就进行手术将睾丸取出。
猫咪常见疾病
肥大性心肌病
很多小动物心脏病学者认为肥大性心肌病有家族遗传性，发病的猫咪可能会有突发性后躯瘫痪、喘息、黏膜苍白、发绀或突然死亡，对猫咪而言是一种死亡率高且所费不低的疾病。
多囊肾
发病猫大多数会在4岁之前就出现慢性肾衰竭的相关症状，肾脏会出现持续增大的水囊肿，压迫到肾脏实质部，造成机械性的伤害或局部缺血性坏死，而且大多数是双侧肾脏都会发生，目前并无治疗方式可以消除或抑制水囊肿，是一种治疗无望的疾病，猫咪最后会因为尿毒症而死亡；兽医师可以经由超声波扫描在早期发现多囊肾，或者在水囊肿已造成肾脏变形时，通过触诊而得知。患该病的猫咪不能作为配种之用，这样便可以减少悲剧发生。
苏格兰折耳猫内生软骨瘤病
苏格兰折耳猫本身就是一种突变品种，其基因中存在许多不稳定性，在某些国家更是明文规定折耳猫不可以跟折耳猫进行育种，因为会有太多可怕的先天缺陷及畸形发生，最常见的就是内生软骨瘤病，特征包括短尾、掌骨、跖骨与趾骨过短、骨头融合、外生骨赘，在1岁时就可能出现严重的跛行症状。
要根治遗传病，应该从基因水平或染色体水平来纠正已发生的缺陷，但基因治疗在理论上、技术上还存在着极大的困难，目前谈不上临床应用。目前对于宠物遗传病的治疗只是在早期诊断的前提下，通过各种方式去减轻或消除一些遗传病的症状。在自然状态下，这些不良的基因本来该由自然所淘汰，盲目地让宠物进行交配繁育，只会徒增不幸动物的数量，而无法保证它们至少能够拥有一个健康有品质的生活。