[生物信息]如何绘制曼哈顿图manhattan Plot

　　曼哈顿图（manhattan plot），顾名思义，是一种类似曼哈顿摩天大楼排列的一种展示图。不知道曼哈顿长什么样？我们来看看：

　　在生物和统计学上，做频率统计、突变分布、GWAS关联分析的时候，我们经常会看到一些非常漂亮的manhattan plot，能够对候选位点的分布和数值一目了然，如下：

　　说到绘图，虽然manhattan plot属于比较简单的散点图了，但想要达到发文章的级别，用excel一点一点去画就不是太合适啦。在这里我们推荐用强大的R语言，但是很多人想到代码和命令行就头疼，即使是网上有现成的R脚本也是，怎么办呢？

　　这次就给大家推荐一款简单实用的软件，这个软件并不陌生，如果是做关联分析应该都听说过：Haploview，对，就这个做连锁图的软件，java写的小程序，windows下就能运行，非常轻便。

　　下载地址：

　　https://www.broadinstitute.org/ftp/pub/mpg/haploview/Haploview.jar

　　Haploview的详细用法很多，我们这里只关注如何画manhattan plot吧，首先双击运行haploview.jar，打开如下的主界面（如果主界面默认是空白，就用file里面的open new data）。

　　接下来我们把之前的数据导入，haploview支持多种数据格式，如果是关联分析相关的，推荐使用plink format。如果恰好你是用plink做的关联分析，那么恭喜，直接将对应的assoc文件和map文件导入上面的两个框就可以了。但……还是假设我们没有……假设我们手上只有位点坐标和pvalue（或者频率、比例什么的），那么我们需要伪造这两个文件了。

　　首先，map文件至少包含三列——染色体号，SNP名字，SNP物理位置。如下图所示，我们把这三列做好，然后存为纯文本格式，随便命名为fake.map，因为是假的嘛……

　　其次，assoc文件，虽然plink直接跑出来的会有一大堆，但是，实际只要两列就够了……SNP名字和pvalue，区别是顶上要有标题行，如下图所示，我们同样做好这两列，然后命名为fake.assoc。注意如果一个数值缺失了，可以写成NA。

　　文件做好了，我们在haploview里选plink format，然后导入这两个文件，点OK，就会出现一个下面的SNP列表：

　　其他不多解释了，我们简单粗暴直接点Plot按钮，进入参数选择，这里的选项都很实用：第一行是图片标题，然后让你选择X,Y轴分别用哪一列来画，X轴显然用染色体，Y轴我们选择pvalue那一列，也就是P，尺度我们使用常用的-log值，否则出来的图会很杂乱。

　　再下面两行表示：是否添加表示显著性的标线，一条蓝色，一条红色，同时，超出这个标线的点会进行加粗处理，这里可根据实际需要调整，不需要就不用填。

　　为了演示起见，我们假定pvalue＜0.05为比较显著，pvalue＜0.01为非常显著，取-log之后对应的值分别是大于1.3和2。再下面是数据点的大小，点多的时候选Large要慎重。再下面的复选框表示是否添加栅格线。右边决定整个图形的宽度和高度，可自定义，如果染色体较多可以写长一些。最下面的选项是问是否导出到SVG格式，一般不需要。

　　以上，我们已经完成了所有准备和设置，点击OK看看自己的成果吧！喜欢吗？

　　通过点击右键，我们还可以对图像进行一些细微调整，这些就有待大家去研究了。