最新出版的《儿童急性扁桃炎诊疗临床实践指南》指出，除了A群β溶血性链球菌、肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌是儿童急性扁桃体炎的主要病原体外，病毒也是的主要病原体，如EB病毒、鼻病毒、流感病毒和腺病毒等。对于病毒引起的急性扁桃体炎，无需抗菌治疗。
指南认为，儿童急性扁桃体炎一般治疗措施包括卧床休息、清淡饮食、多饮水、加强营养及保持牌匾通畅，咽痛剧烈或者高热的患儿，可口服退热药及镇痛药。
对于抗菌药物的使用，指南明确指出，病毒性急性扁桃体炎常为自限性，无需使用抗菌药物治疗，可以考虑使用中药等治疗，比如使用疏风清热、消肿解毒的中医药。
对于有A群β溶血性链球菌感染证据的急性扁桃体患儿，指南推荐，β内酰胺类为抗菌药物治疗的一线首选药物。抗菌治疗应以清除病灶致病菌为目的，疗程至少10d。根据病情轻重，决定给药途径。青霉素类，如阿莫西林、阿莫西林克拉维酸制剂等口服为推荐药物。头孢类抗菌药物由于抗菌谱更广，也可以作为一线药物。对青霉素过敏的患儿或考虑为肺炎支原体感染的患儿，指南建议使用阿奇霉素等大环内酯类抗菌药物治疗，阿奇霉素剂量为每日1次给药，推荐使用剂量是10mg/kg·d，连续使用3d为1个疗程。也有使用5d疗程的用法，即首剂10mg/kg·d，第2~5天5mg/kg·d，或者12mg/kg·d，连续使用5d为1个疗程。
局部治疗可使用含漱液及局部含片，较大的儿童可以使用复方氯己定含漱液、复方硼砂溶液等漱口。
对于手术治疗，指南推荐必须在急性期2周后，且符合手术指征时候才考虑扁桃体手术摘除治疗。根据扁桃体炎的发作次来决定是否手术，主要原则包括1.在之前的1年内扁桃体炎发作≥7次；2.在之前的2年内每年扁桃体炎发作≥5次；3.在之前的3年内每年扁桃体炎发作≥3次。其他指征包括：1.扁桃体炎曾引起咽旁间隙感染或扁桃体周围脓肿者；2.扁桃体过度肥大，妨碍吞咽、呼吸或发声；3.白喉带菌者经保守治疗无效时；4.不明原因的低热及其他扁桃体源性疾病（成为引起其他脏器病变的病灶），如伴有慢性扁桃体炎的急性肾炎、风湿性关节炎出现时等。其他扁桃体疾病，如扁桃体角化症及良性肿瘤等。